2056年，世界发生了一场巨变，人类几乎在一夜之间失去了对所有的海域的控制。
原因是因为出现了一群神秘的“怪物”，也许这么说有些过分，毕竟他们其中是有一些女孩的，不过相比于他们，其余的都是些类似恐怖电影中才会出现的“生物”。
人类的舰队在顷刻间沉入了海底，钢铁的船只无法打中这些灵活异常的目标，而嘲讽的是这些“怪物”的武器却可以轻松击破船只的装甲，而曾被人们寄意希望的导弹武器却因为未知原因在击中目标爆炸前失去了控制无法起爆，就连远在宇宙的卫星也受到了未知的影响，失去了向地球的联络。
在这10年之中，世界被那些来自深海的怪物（下文全部以深海代替）控制，各个国家失去了自己所属的所有领海，一些路上无国家接壤的国家就此与世隔绝，可是人们发现，这些深海无法离开大海，这让措手不及的人们得以喘息，而一些人们却发现，在那些被怪物控制的海域中，陆地居然渐渐地沉入了大海，这让整个人类世界陷入了绝望，人类舰队的覆灭更是加深了这一段时间的恐怖。
2066年，被称为是“希望的曙光”，世界各地出现了一些名叫“舰娘”的女孩，她们的出现毫无预兆，从出现开始，她们就继承了人类史上的那些战舰的灵魂以及名字，仿佛生来就是为了守护人类，并且对抗那些来自深海的怪物，她们的出现便改变了世界的格局，人们开始渐渐地夺回被占据的领海以及土地。
至今已经过去了14年……。;