【本书的背景设定是《神奇宝贝特别篇》，人类和神奇宝贝都会死亡，所以请不要再用tv版的设定来说什么。】
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经历一番苦战，雷羽终于获得了石英大赛最后的胜利，捧起那代表冠军荣誉的冠军奖杯，不仅完成了前世今生的一个梦想，也完成了他对于金属怪、七夕青鸟，以及他其他神奇宝贝的承诺。接下来，他所要做的事情便是阻止古柳捕捉雪拉比的行动和破坏火岩队、水舰队控制超古代神奇宝贝固拉多和盖欧卡的计划。
不过，在那之前，雷羽还有一件事情必须解决。
罗兰，假面军团的高级干部，曾经在银羽山杀死雷羽七夕青鸟的凶手，现在因为龙之天王渡的追捕而隐藏在橘子群岛的某地。雷羽，必须亲手为七夕青鸟报仇之后，才能解开心结，心无旁骛地去完成自己的事情。
本来雷羽已经和娜姿说好，比赛结束之后，便由娜姿使用超能力带着他前往罗兰隐藏的地点。但是，就在昨日，娜姿忽然不辞而别，事前没有任何预兆，娜姿也没有留下任何的解释，她整个人，就这么忽然消失了。虽然说，以娜姿的实力，在这个世界很少有人和神奇宝贝能够对她造成威胁，但不知为何，雷羽心中隐隐有着些许的不安，也不知这是否代表了此行的不顺。
想到这里，雷羽的眉宇微微颦起，虽然海风和煦、风和日丽，但雷羽的心中还是充满了阴霾，不仅仅因为罗兰，也因为娜姿。
“哥哥！”
“雷羽哥哥！”
两声甜甜的、脆生生的呼唤，枫和南穿着纯白的连体泳衣，像两只欢快的小皮卡丘，蹦蹦跳跳地来到雷羽身边，一左一右抱住雷羽的两只手腕。
雷羽立刻隐藏起心中的不安，微笑着低下头，摸了摸两只小萝莉的头发，“枫、南，有什么事吗？”看着她们仰起头，对着自己露出纯真的笑容，雷羽的心中也感到淡淡的幸福。
“哥哥、哥哥，我们去游泳吧！”南直接拉着雷羽的手，把他拖着离开护栏，带着他向游轮后面的泳池走去。枫则绕到雷羽身后，伸出双手推着雷羽的后背，也高兴地说道：“雷羽哥哥，拉斐尔姐姐让我们来邀请你一起去游泳。”
拉斐尔？！
雷羽顿时想起今日早上遇见拉斐尔时的情形，当时她询问自己接下来的打算，雷羽告诉拉斐尔接下来可能要去橘子群岛处理一些事情。这个傲娇的小公主立刻不由分说地把雷羽拖上她的私人游轮，并说自己即将回国，“邀请”雷羽去她的国家参观一下。不过，说是邀请，事实上却是傲娇地强迫吧！
“我才不是想和你一起旅行呢。这只不过是顺路、顺路而已。”当时傲娇的公主侧着头说道，不过，透过拉斐尔那青色的长发，雷羽却感到她正用眼角的余光偷偷看着自己。
嘴角露出一丝微笑，雷羽不再抗拒，和枫和南一起来到游轮后面的泳池。清澈的泳池中，拉斐尔和嘉儿正穿着漂亮的泳衣玩耍着，时人戴了一个墨镜躺在躺椅上晒太阳，小军则大口地吃着放在一边的水果。他们几个人的神奇宝贝，也都从精灵球里面出来，围绕着泳池玩耍、嬉戏着。
雷羽也受到感染，他笑着把自己的神奇宝贝也放了出来。哥达鸭、哈克龙和铁傲龙虾欢叫出声，“噗通”一声跳进泳池，开心地游来游去；黑色九尾和斑吉拉趴在边上懒洋洋地晒着太阳，偶尔翻个身，换个姿势继续晒；飞天螳螂则跑到嘉儿的飞天螳螂身边，两只同类神奇宝贝开心地交流起感情来，不时挥一挥手上的镰刀；草精灵翠星石欢快地追着水精灵雪华绮晶跑来跑去，不住地“欺负”这个比自己小的妹妹；钻石大钢蛇因为体型巨大，只能在海里跟着游轮前进，不过看起来他并不伤心，反而很开心的模样；火焰鸡站在泳池边上，好奇地弯下腰，伸手试了试水温，颇有跃跃欲试的感觉，随后，他被从下方潜游过来的美纳斯和哈克龙突袭，拖下泳池，顿时发出“咯咯咯”的惊叫声；最有趣的是梦巫d.d.，她小心翼翼地捧起一杯红酒，轻轻地抿了一小口，不过立刻晃晃悠悠地从空中栽倒进泳池里面，引起一阵慌乱……
一片和平的景象，雷羽看着自己神奇宝贝高兴的模样，心中也充满温暖，他摇摇头拒绝了拉斐尔、嘉儿和枫和南的邀请，穿着自己的衣服，拿起身边的墨镜戴在脸上，然后躺在躺椅上开始午睡。毕竟，他身上因为绿色宝石而产生的古老纹身依然存在，雷羽，不希望任何人看到它们。
“哼！！”拉斐尔很是不满地嘟起了嘴巴，然后在嘉儿和两只小萝莉的挑逗下，很快忘记这点不满，开心地玩了起来。
暖暖的阳光、温柔的海风、还有四周清脆的欢笑声，让雷羽放松了心情，迷迷糊糊间，他沉沉地睡了过去。
一抹银色的身影忽然从雷羽眼前掠过，紧接着，温暖的红、温和的黄、温柔的蓝，代表色彩的三原色也从他的眼前掠过。
[这是什么？]迷迷糊糊间，雷羽想到了这个问题。
忽然之间，那银色的身影从和缓变得暴烈起来，那红黄蓝的三道身影也开始狂暴、冲动，最后不住的扭曲、变化，最后融合在一起。然后，那银色的身影和混合的三原色开始爆发出激烈的冲突，混沌开始在那些剧烈的能量碰撞之下发生了破碎。
[怎么回事？]