相传有一界名叫忍界，此界的人叫做忍者，他们修忍术，做着上级布置下的任务。可是把时间在往前倒退，我们只会看到两个人，一个叫辉夜姬，另一个就是众人所知的六道仙人。
很少有人知道那个时代发生了什么，但这并不代表没有人知晓。辉夜姬偷食圣果，体内出现了查克拉，她从此拥有了绝对实力。她觊觎着整个忍界。因为她有这个资格。可是，她那个傻傻的儿子即六道仙人不同意。六道仙人渴望一个和平的忍界。所以，结果很明显，有这样儿子不打一顿是不行的。这对母子进行了残酷的一次战斗。当然众人都知道六道仙人赢了，封印辉夜，分割十尾，开创忍道，没有他就没有如今这个忍界。可是，如今的忍界真的和平吗？
在天空的东北角，一层层的云被染成了红色。这不是火烧云，因为这不像火的颜色，到有了几分血的味道。自古道：天有异象，必有乱事。
幽静的竹林里，阵阵风吹过，吹起一片片竹叶，像蝴蝶一般慢慢的落到了地上。一个神秘人身着黑衣，单脚站在一根竹子的顶部，目光停留在空中，看着那非同寻常的云，嘴里嘀咕着：“看这天象，第十七世要出现了。前几日用十四世的六和之术算了一卦，卦象显示此子弱的明显，却又强的厉害，这是什么意思？只能走一步算一步。”忽然间，风变大了，神秘人大呼不好，身子一抖，匆匆忙忙地去了东北方。
天花板上渗着一滴滴的水，落到地上，发出叮咚的声音。药师兜缓缓地打开铁门，低头走进：“大蛇丸大人，您的实验进行的如何了？”嘶哑的声音在房间中突兀地出现了，：“只差最后一步，你去看看我带回来的两个宇智波一族的小孩，千万不要出现差错！”兜转身离开了。
宇智波元闭着双眼泡在一个透明的容器当中，绿色的颜色，就是傻子也明白，这是药水。在他模糊的意识里，突然出现了一个身影。“小子，看你我有缘，而且你快要死了，我就来帮帮你吧。你身上的柱间细胞我没有办法，但我依然可以送你三样礼物。一：帮你打开写轮眼。二：助你脱困。三：教你豪火球之术。你且记好。”仅仅半柱香的时间，这个神秘的身影消失的无影无踪。宇智波元很想知道是谁给他的这场造化，可惜太快了，来的快，走的更快。元睁开了闭了许久的眼睛。可是一切都变了，那妖艳的红色，那夺人心神的三勾玉，那让人无法直视，仿佛可以看透一切的眼神，这就是整个忍界都梦寐以求的，宇智波家族的标志——写轮眼！
在宇智波元震惊自己的眼睛时，“嘭”的一声。响声回荡在整个地下室。兜大吃一惊，迅速地赶往声音的发源地，他隐隐的感觉会有不好的事情发生。
宇智波元的脑袋晕晕的，晃着脑袋从地上爬了起来，拿起地上的铁棍对另一个容器重重敲去。又是一声“嘭”。又是一个小孩躺在了地上，宇智波元不是傻子，他知道要快点逃出去，他也明白多带上一个人对自己来说有多危险，可是他不会一个人离开。那是宇智波元的玩伴，叫做宇智波木汜。那是小时候自己被人欺负时唯一一个肯替自己出头的人。有多少人是能够让理性来驾驭情感的呢？很少很少。宇智波元也不例外，而且他知道，如果醒来的那个不是自己，而是宇智波木汜，他也会做出相同的选择。所以，宇智波元连忙把木汜放到了背上，赶紧跑。。。
自从兜听到了第二声“嘭”时，他就知道不好了。所以他一次次的加速，他要去知道到底发生了什么。灯光一闪一闪，宇智波元的心也在狂跳中。他知道等下肯定会有一场战斗，可是自己手中无任何兵器，这是绝对不可以的。他依稀记得小时候父亲用了宇智波一族的秘术，把一把匕首藏进了自己的右臂。时间不等人，宇智波元一遍遍的搜索记忆。宇智波元笑了笑，左手单手施展起了结印，一连串地打出了五个奇怪的结印，左手猛地往右臂一拍，一把黑色的短小苦无漂浮在了空中，宇智波元左手一拿，用了自己剩余的所有力气夺门而走。还是坚守着一个宗旨：赶紧跑。。。。。
宇智波元急速地奔驰在曲折的道路上，若是有其他忍者看到，他们肯定会惊奇，因为宇智波元现在的速度实在太快了。快到了哪种程度？想想药师兜现在还没追上来就很清楚了。药师兜先去了声音最先传出的地方，当他看到两个破碎的容器时，他惊呆了。最重要的是，跑了人就算了，可是逃跑的恰恰是大蛇丸千叮咛万嘱咐要看管好的两个宇智波小孩。
这个地下室很冷，应该是大蛇丸为了冷藏一些尸体所用。因为在宇智波元疾驰的路上，四处可见缺胳膊断腿的人，甚至有些人的头都不在了，还有一些眼球脱落的人，怎一个恶心了得。再怎么说，宇智波元还是一个小孩啊，看到这些恶心的东西，腹中早已翻江倒海了，但为了生命，为了活下去，他没有资格倒下，甚至连呕吐的机会都没有。忍界就是如此的残酷！
他要逃离这个恶心的地方，他不想和那些死人一样，一样的结局。他也有梦想，他渴望站在忍界的巅峰，他要成为最强者。他要成为合格的下忍，良好的中忍，优秀的上忍，然后成为火影。所以他不想留在黑暗之中，他必须走，他要抓住一切机会，抓住一丝光明。
药师兜必须去追回那两个小孩，可是出乎他意料的是，宇智