一百多年后.......
美国，纽约，皇后区夜晚的城市比白天的更加的梦幻与美丽，一座座高楼大厦拔地而起，霓虹灯闪烁着，彷彿天外的繁星一般璀璨。马路上，车水马龙，人来人往，络绎不绝。
离这不远处的森林小丘中一栋私人别墅里，客厅电视播放着名为【浪客剑心】的动划，而房子的主人正坐在沙发上观看「想不到剑心祖先的故事会制作成动划，唉～好想看看历史中的祖先阿」
这时一段手机铃声响起.........
「喂～科尔森大哥有事吗？什么！！！有任务要给我.....不是吧，啥～你说你现在就要过来说明任务内容.....哎～好吧....待会见了」
这名叹气的年轻人是剑心的子孙矢吹隼人，是神盾局特工，隼人３岁时父母车祸身亡，之后由爷爷扶养到隼人１o岁因病去世，开始一个人的生活，从小听着爷爷述说剑心的生前之事
让隼人想要和剑心一样成为传说，随着年纪增长隼人的外表越来越俊俏一头时尚潮流长发，不仅如此因为从小一个人生活的关系常常跟人起冲突、打架，练就一身过去明治时代明王安慈肌肉防御力
、四乃森苍紫行云流水般的身手、相乐左之助的耐打，志志雄真实的力量也从战斗中无师自通开创我流派格斗技，其过程隼人都差点死亡从刚开始一对一的战斗之后能对付几十人到后面则是以一挡百。
不过为什么不学绯村家的飞天御剑流呢，其实是因为没有剑术的天分所以才走格斗路线，而且剑心没有把飞天御剑流传下来。
个性开朗阳光又带点叛逆毒舌、为朋友着想，私底下是个御宅族。
高中三年级时学会双重之极限，所谓双重之极限就是将第一击与第二击在刹那之间瞬间连击，能完成破坏对方所有的拳击从而将物体震碎的拳法，交给隼人这招的是相乐左之助的子孙相乐春马是隼人的前辈。
毕业后从事刑警一职，却因缘际会从中国移民到日本的枪王身上学会四种枪斗术，然后把四种枪斗术以及所有的枪械使用的出神入化登峰造极的境界，之后隐藏身分再世界各国被称之为传说的神枪手
在全球猎杀排行榜排名第一。最后被神盾局派来的菲尔·科尔森招揽成特工，因为本身的破案率高尤其是枪杀案的案件都是隼人用枪的经验来推里破案的，一开始隼人进入神盾局时因为外表的样子看起来很弱
于是多多少少受到一些排挤，不过隼人也不怎么理会，以前就是因为这样常常到处和别人打架如果高中时期早就二话不说一拳就过去了，但现在已经不是小孩子了更何况各国审美观不同也不能说什么
不过在隼人完成其他特工无法完成的任务时，所有人不再以之前的眼光看待这个年纪２o初头的新人，之后几年因为神枪手的身分被发现而成为神盾局的王牌加上又是个御宅族所以不常出现在总部里，但只要有
无法处理的案件神盾局局长尼克福瑞会派菲尔˙科尔森去隼人家里坐客之后就是接下来发生的事情。
叮咚～
隼人打开门让柯尔森进来，随后柯尔森将手中的几份机密资料递给隼人，而资料上的标题分别为【黄道号列车事件】【洋馆事件】【阿克雷山脉事件】
上面写着.......
【黄道号列车事件】发生于1998年7月拉昆市的郊外的阿克雷山区森林发生离奇的杀人事件，而受害者的身体上有曾经被生物咀嚼过的伤痕而且大部份还支离破碎，于是警局派出了eam）
贝塔小队前往山区调查。几小时后，载着.a.r.s部队的直升机失事，坠落到地面。
【洋馆事件】于黄道号列车事件几天后，a为了找回失去联系的贝塔小队在度派出阿法小队前去收寻。众人一样在郊外遭到怪兽袭击而逃到一栋由保护伞公司所有的洋馆，进而发现保护伞公司
所做的不法人体实验以及遭到死而复生的研究所人员攻击，并且得知阿法小队队长威斯卡背叛之事，最后靠着阿法小队剩馀成员克里斯、吉儿、贝利以及新人蕾贝卡等人英勇的表现解决此事，并一同逃离洋馆。
而蕾贝卡为贝塔小队中唯一的生还者。其在洋馆事件后，写了一份关于贝塔小队失去联系之间的发生的事件的报告，当初贝塔小队的直升机在途中突然故障，因此被迫降落，而自己和小队成员失散，来到了一辆称为
「黄道特快车」的罹难火车上，遇见了涉嫌连续杀害23人的海军陆战队少尉比利·柯恩，原本想进行逮捕时列车突然自行发动，过没多久发现自己所处在的列车上所有已毫无生命迹象的乘客们一个一个的又突然动了起来，
而比利被死而复生的乘客们杀害，捡起比利的军人身份确认牌后成功逃出列车，之后在一间废弃研究所里打败了原本已经死亡了却因名为t病毒的生化兵器而复活的马卡斯博士，也消灭女王水蛭。
最后在洋馆遇见克里斯等人。
【阿克雷山脉事件】一系列怪异的吃人凶杀事件，自1998五月发生在拉昆市北方阿克雷山脉的丛林里，持续至接下来的数月。
受害者多为登山客、野餐者或是情侣，发现有类似狗抓伤，以及部分被人或其他未知生物咬掉的痕迹。拉昆市警察对于该现象无法解释也无法阻止，只能归咎于邪教活动。
.a.r.s.于7月23日对该区域展开调查。第二小队的直升机因为机械问题而迫降于该