郑芝龙不敢公然对抗隆武帝的命令，于是郑芝龙装模作样地派出郑鸿逵北上，跑到半路，又是路途不顺畅，又是没粮饷靠，钱都在你那边，你没粮饷？
总之就是拖着，结果清军一来，立马逃了回来。
结果就是，朱聿键对郑芝龙彻底失去信心，他很不爽，同时郑芝龙也很不爽。
两人都不爽，首先爆发的是朱聿键。不是郑芝龙不想爆发，关键是郑芝龙暂时没有机会（不过这个机会很快就会来的）。
朱聿键认为要呆在福建实在是没啥前途，而且清军刚刚平定了浙江，准备南下福建。
郑芝龙又是个专门保存实力的主。
正好比较听话的江西总督万元吉建议朱聿键移驾江西，领导北伐。于是朱聿键决定“御驾亲征”，到江西投靠万元吉。
但是郑芝龙是强烈反对这个事情的，如果皇帝离开福建，本来福建在那个时候也就是个比较偏的地方要不也不会有这么多人冒着砍头的风险搞国际贸易了，那福建又成了爹不疼娘不爱的地方了，不说其他的，光是曝光率都要一落千丈。
问题是郑芝龙也不能公然软禁，那估计要被口水喷死，风险太高不合算。
郑芝龙搞点小诡计还是很有一手的。朱聿键离开福州，准备前往赣州的时候，郑芝龙先是以边关防守薄弱为由，力劝朱聿键返回。
接着，郑芝龙充分发动人民群众的力量，“数万军民拥道豪呼，拥架不得前”。朱聿键本来已经到了建宁县，离江西只有一百公里，结果由于郑芝龙从中作梗，不得不走回头路，只能在武夷山附近兜圈子，最后到了延平。
在朱聿键意图摆脱郑芝龙的时候，郑芝龙爆发的机会也很快地来了。
由于博洛兵力太少，没办法，能招降那尽量招降，于是就去探了探郑芝龙的虚实，郑芝龙的态度实在是太让他喜出望外了明朝清朝一回事，不就是换个主子吗，反正我的势力在海上，不干涉我就行。
达成初步的意向之后，郑芝龙就开始积极准备投降。
为了表示诚意，郑芝龙做出了“遇官兵撤官兵，遇水师撤水师的承诺”。
于是在郑芝龙的部署下猛进，很快就到了延平。
鉴于郑芝龙也准备投降了，所以也就没工夫理朱聿键了。
朱聿键总算可以安安心心地到他想去的地方了，但是这哥们要说还是比较天真的，不过也不能完全怪他，南明军的溃败速度本来就不能用正常的思维来估计，加上郑芝龙又很通融地执行不抵抗政策猛进。
朱聿键好歹也是个皇帝，逃跑太没面子，怎么也得是“迁都”，于是朱聿键按照迁都的标准，光是书籍都装了十车，至于金银和后宫，那自然更加不会落下。
总之朱聿键走的很慢，清军走的很快，于是8月27日，在汀州城外时朱聿键被清军追上，关于朱聿键的死，说法比较多，有说被射死的，又说被俘后处死的，也有说是被俘后绝食而亡的。
不管哪种说法，总之，朱聿键是死了，而且死的比较壮烈，时年45岁。
死的壮烈的也不是朱聿键一个人，他的皇后曾氏，同样不甘落后，被抓之后，乘着清军不注意，跳水而亡。隆武政权随着朱聿键的牺牲而彻底告别历史舞台。