其实不仅仅是明末穷，整个明代都在为财政收入抓破头，因为明代建立时确立的税收制度就存在问题，后来的一系列财政改革也不过是在原有的制度上修修补补。
朱元璋的制度，简而言之就是“划地为牢”。每一户都有固定的不可轻易改变的户籍，主要是民户，要缴田税，要服差役。其次是军户，要服军役，当兵是为国家服特殊的差役，还有负责屯田。三为灶户，负责煮盐缴盐税。其它的还有医户、匠户、渔户等等。朱元璋设计的理想社会，是每个人都有固定的职业，父死子继兄终弟及，世世代代一直维持下去。民户之上有里甲制度，一百一十户为一里。军户之上有卫所。灶户有盐场。官府收税，以民户为例，只要在每个县按照户口数、田地等则（田地质量、收成）确定每年应上缴的夏秋粮食，记到黄册里。每隔十年再清查一次，重新造册。只要地方官员用心，百姓听话，财政收入就不会有问题。
但社会不可能不发展，人不可能一辈子只做一件事情。而时间一久，贫富差距就会出现。所以就会出现田地的买卖。本来田地的买卖要到官府登记，明确纳税人。但这项制度得不到保障，也有人钻空子，慢慢的也就不知道这块田到底要由谁负责上税了。一个县面积大人口多，官员却只有十几个人，不可能彻底的控制，想收税也收不起来。有些聪明人还买通里胥，说堤坝垮啦，自己的田被水冲啦，于是这块田就再也不用收税了。官府的人也常常不过问，就把原有应该交的税摊派到别的田里去。举一例子。某县有田一百亩，要收一百石粮食，也就是一亩收一石的粮食。某次有人说自己家十亩地被冲走了，所以能上税的田就只剩下九十亩。但官府还是要求这个县每年缴纳一百石的粮食，所以每亩地就要缴纳一石多的粮食。很多人受不了这么重的田税，或者跑掉，或者把田隐占起来。到后来就越来越收不上田税。
卫所屯田也是类似的情况。屯田本应该是国家的财产，到英宗的时候基本上就变成个人私产了。种多少地交多少税谁也不知道，很多田还被军官侵夺。这就是土地兼并。军官还扣押军饷，很多军户受不也跑掉了。军官呢，不单单收了土地，还把剩余的钱拿出来做生意，开妓院，海上跑走私。
盐税也是一样的。盐户的课税太重，很多人就跑掉了，也有直接就下海当海盗的。当了海盗又反过来四处上岸打劫。其实整个明代江浙闽粤沿海一带都不太平，只是嘉靖时候打倭寇，造成一种嘉靖时期沿海突然动乱的历史叙述。所以沿海的灶户也缴不起税。
慢慢的政府能够控制的土地就越来越少，且不说广东、贵州这些皇帝鞭长莫及的地方，南北直隶也是类似的状况，于是整个明帝国的财政越来越窘迫。
于是为了增加收入，就不断地添加各种名目，一个县的税收项目有上百种，时不时的就到民间搜刮一下。很多本来不是规定的项目，胥吏为了贪污也频频编制各项名目，百姓的负担更重。
有很多官员试图进行过改革，这个过程从宣德年间就开始了。一直是地方官员小修小补，到最后由张居正行一条鞭法，使改革合法化。一条鞭法并非减轻农民负担，也没有提高政府的财政收入，主要成果，一是把现有的各项名目统统归为一项，按照每个县田地的多少进行摊派。二是把差役折算成银两，也摊派到田地里去。如此一来，百姓也不用为国家服差役了，只要交税就可以。这个转变的意义是重大的。其三则明确了以白银作为结算的手段，这一以来财政就能够进行预算了。以往是量出为入，国家要什么百姓就得给什么。现在是量入为出，人民交的钱是固定的，国家只能按照所收的钱进行投入。对明史和一条鞭法有兴趣的请看梁方仲的《一条鞭法》。
张居正的改革，并不是使明代的财政制度有了彻底的好转，只是让这项制度不再坏下去。可惜到万历末年就出现三大征，接下来又是三饷加派，不得不在原有的税收基础上继续加派。本来只是临时税目，没想到最后缴不了李自成，守不住山海关，明朝也就灭亡了。
所以说明末为什么那么穷？都是因为一开始朱元璋太想当然了，他以为自己能够建立起一个均贫富的理想社会，但没过几十年这个制度就彻底坏掉了。回想起来，本朝的历史过程，到目前为止是何其相似。