黑旗军五千人马，初设六营，分别为骠骑营、射日营、摧锋营、长兵营与神机营、斥候营。
各营人数数百至千余人不等。
其中骠骑营也就是黑旗军的骑兵马队，其营指挥使由姚舆兼任，营副指挥使为闵武炎。骠骑营人数最多，为一千五百人上下。
骠骑营副指挥使闵武炎身高七尺余，身材魁梧，虎背熊腰的，为关中人氏，善骑射，武艺超群，有万夫不当之勇。凭他的本事，为军中一员将领是绰绰有余，可闵武炎此前秦凤路禁军之中的一名小校，是郁郁不得志。究其原因就是，闵武炎之父是汉人，而其母亲却是个蕃人，汉、蕃不得通婚，因此闵武炎为私产子，是饱受歧视。
秦凤路经略安抚使李三坚重建黑旗军，选将募兵，闽武炎便去应募，一眼就被李三坚、姚舆看中，并被李三坚拔擢为黑旗军中的部将，为骠骑营副指挥使。
闽武炎自是感激涕零。至于他从前的身份，禁军之中的小校，对于李三坚来说，这都不是个事儿，李三坚也是汉、夷之后．．．
射日营也就是黑旗军的弓弩营，人数约五百人上下，装备的清一色的神臂弓等强弓硬弩。这些强弓硬弩多数是李三坚调拨而来的，只有少部分是黑旗军的军器监制作出来的。
黑旗军的军器监毕竟是刚刚建立的，虽李三坚大力支持，要钱给钱，要人给人，但短期之内，是无法大量制作军械的，况且目前军器监主要的事情就是加紧赶制爷雷。
射日营营指挥使为冯漳，营副指挥使名为拓拔魁，为一员蕃将。
摧锋营也就是刀盾兵，按李三坚、姚舆的意思是想将其打造成一支冲锋陷阵、如铜墙铁壁般的重甲步兵，但弓弩容易得到，重甲却是难得，需耗费大量的金钱、精力、时间方能打造出来，因此此时的摧锋营只是略具雏形，与李三坚、姚舆等人的想象还相去甚远，就连摧锋营的副指挥都没有合适的人选，而摧锋营的指挥使为罗布瑞，来自拜占庭帝国的罗布瑞还兼任整个黑旗军的训练官，也就是军中教头。
长兵营，顾名思义就是以长兵拒敌，人数约八百人上下，由许彪为营指挥使，营副指挥使为一名名叫姜屠的蕃将。
姜屠也是武力超群，为一员悍将，只不过因为其心狠手辣的，故在军中有“姜屠夫”的“雅号”。
神机营的名字较为新鲜，为李三坚所取，许多人都是不知这支人马到底是干什么的，显得较为神秘，只有少数人知道神机营是一支“用火”的队伍，主要就是使用“爷雷”，人数较少，约三百人上下，营指挥使为“赛孟起”崔虎臣，营副指挥使暂无。
崔虎臣善使飞石制敌，李三坚就用其长。
愿意从军的李三坚的弟子刘宗毅等人暂编入了神机营，从一名小卒做起。
斥候营只有百余兵马，却要承担刺探、警戒、候望等诸多事情，燕四为斥候营等指挥。
李三坚的三百亲卫由山魁为指挥统领这支兵马，济空副之，山魁不愿意下去领兵，只想护卫在李三坚身边，因而李三坚也不勉强他，命山魁统领这支三百亲卫。这支亲卫因其军衣上的标志为一头正在怒吼的猛虎，因此就被称作“虎卫”。
宋军的编制，从高到低原为厢、军、指挥、都四级，一般是五百人为一指挥，五指挥为一军，十军为一厢，指挥之下便是都，一般是一百人上下为一都，五都为一指挥。各部的人数也并未强行限制死，可根据需要增加或减少士卒人数，人数是不固定的，因此宋军的一军之人数一般就是数千至万余人不等。
都为宋军之中的最小编制，都的统兵官被称作“都头”、“副都头”，都头以下的军将有军头、十将、将虞候、承局、押官等等，这些低级军将被统称为“节级”。
一厢之统兵官被称作“厢都指挥使”，一军之统兵官被称为“军都指挥使”，五百人的指挥也可称为“营指挥使”。
熙宁改制之后，宋军的编制就是“将兵法”了，所谓将兵法就是以将、部、队sān_jí编制代替厢、军、指挥、都四级编制，目的就是解决“将不知兵，兵不知将”的弊端，从而提高战斗力。
不过随着将兵法的施行，并未完全废除旧制，许多地方均是旧制与新制混用，如目前陕西诸路驻扎着禁军一千余指，就是旧制的说法。
将兵法的施行，其实作用不大。要解决“将不知兵，兵不知将”的困境，关键还是要看朝廷，看大宋皇帝，是否放心让各部将领长期领兵，这与旧制、新制关系不大的。
厢军、乡兵、蕃兵等杂役军的编制到底是按旧制或新制，朝廷也未强行规定，因此宋各地厢军、乡兵、蕃兵等杂役军的编制就是五花八门的，什么情况都有，显得异常的混乱。
李三坚、姚舆等人经过细细思量考虑，将黑旗军的编制设为了sān_jí，即军、营、队sān_jí，三队为一营，五至十营为一军。军设正将、副将，李三坚自任黑旗军正将，姚舆副之；营设营指挥使、营副指挥使，指挥使也可以称作部将、准备将；营下为队，队设队将、队虞候；队下为十、伍，设十夫长、伍夫长，李三坚、姚舆等人对宋军制将兵法变动不大，但却是简化了不少。最为关键的是，李三坚可不是大宋朝廷，经常性的更换各部将领，只要李三坚还在，只要黑旗军还在，只要没有出现大的变故，李三坚就打算让手下的这些将