殷连山，出身医药世家，年轻时随大军援朝军入朝，拾得因战争失去双亲的孤女。连山将孤女带回天山，取名“紫萍”，一则取“入药为良”意，二则也暗合“身世浮沉雨打萍”之意。有一次，连山得知京城正闹瘟疫，所以带着紫萍去京城曾医施药。。紫萍跟随连山来到京城，在破庙里发现了许多难民。。连山就地展开了救助，由于跟随连山的时间长了，耳濡目染紫萍也懂了不少医术，紫萍也和连山一起展开了救助。由于病人太多，连山和紫萍两个人根本忙不过来，就再这时候来了和紫萍差不多大的少年，帮助他们照顾难民，那少年还招呼家丁来一起帮忙。就这样，瘟疫得到了很好的控制，紫萍和那位少年也产生了深厚的友情。瘟疫消除了，紫萍被连山带回了天山，临走的时候紫萍也没能够和那个少年道别。。紫萍回来天山，无时无刻不思念那个好心的少年。。
回到天山以后，连山教紫萍医术，紫萍非常聪明用了区区数年时间就学会了连山所有的医术。。连山病危了，紫萍用自己所学得的医术来医治师傅，紫萍发现师傅得的是绝症。。连山告诉紫萍等自己去世以后去逍遥观好好学习逍遥观的医术武功，集百家之长，坚决打破绝症不能治愈的传统。。紫萍恨自己见识浅薄没能力治好师傅的病，连山去世了，紫萍安葬好师傅以后，就现在寻求治疗绝症的方法，因为紫萍再也不想看到因为自己素手无策而导致病人丧生的事情发生了。
紫萍来到了蜀中，忽然被一伙人袭击，他们抓到了紫萍带回来五毒教，无毒教主是人称毒王之王的孟天问，。当孟天问见到紫萍的时候竟然大哭起来，紫萍不解的说，你们问什么要抓我啊。。这时候孟天问回过神来，激动的说，姑娘你叫什么名字啊，紫萍没有回答，我不会告诉你的，你这个大坏蛋。孟天问说，我不会伤害你的，你是我女儿。。紫萍惊讶到，我是你女儿，不可能我父母早就死了。。这时候孟天问拿出一幅画像，上面的女子和紫萍一模一样，这时候紫萍有点相信了。说道，你是我父亲，那么你为什么不要我呢。。孟天问告诉她，那是7年前的事情，那时候我所在的门派万妖宫选新掌门，只有我和大师兄最有资格，我怕你和你的母亲受到危险，所以就把你们安排在一个小村庄里。。选掌门之前，我受到的蒙面人的偷袭，那人武功极高，把我打成重伤还把我困在山洞里，就这样我错过了选掌门的机会。。我被困在山洞里三天，掌门就顺利的落到了大师兄的手中，那时候我就恨大师兄。。等我伤点的时候，我怕你们也受到袭击，我赶快回村子找你们，谁知道已经完了，你母亲死了，你不知所踪。。我找到了以前的好兄弟到处一起找你，找了已个多月，还是了无音讯。。以前的一帮兄弟就帮助我创建了无毒教。。紫萍听的眼睛都红了，扑上去叫父亲。
紫萍自从和孟天问相认以后，孟天问就教紫萍他们五毒教的用毒秘笈。很快就教会了紫萍所有的武功。。孟天问得知紫萍的养父推荐她到逍遥观去学习医术和武功，决定把紫萍送到逍遥观当卧底，来了解他们疗毒的秘法加以破解。紫萍拒绝了父亲说，紫萍现在已经是医毒双绝的高手了，不需要再借助外力来强化我们，况且我也不喜欢做卧底。
就在这时候孟天问找到了个绝佳的抢夺万妖宫的机会，孟天问以帮助葬花报仇为由，要葬花帮住自己杀掉万妖宫宫主。。葬花答应了。期间葬花爱上了紫萍，紫萍也非常喜欢葬花，因为葬花就是她念念不忘的那个少年。在抢夺万妖宫的过程中，父亲去世了，万妖宫宫主也死了。。葬花排除重重障碍当上了万妖宫的宫主，这时候紫萍发现杀害父亲的人竟然是自己的恋人，紫萍伤心的离开了。。。
紫萍走了加入逍遥观，在逍遥观，她邂逅了被神机营送来疗伤的甲士霍击蒙，明白了“救一人易，救天下人难”的道理。当此乱世，怀着悲天悯人的感情，紫萍决定下山济世度人。
西域红麻镇瘟疫蔓延，殷连山前去救治不幸染病。殷紫萍得师命下山助父亲一臂之力，治愈殷连山并将药方传给红麻镇镇长。殷紫萍得知红麻镇爆发瘟疫与巫师有关，检查红麻镇水源发现有瘴气，劝诫红麻镇村民搬去其他地方。
殷连山与殷紫萍回忆童年时一起在江南救助百姓的往事，称赞殷紫萍懂得仁心之道。
殷紫萍回到逍遥观与好姐妹纳兰青桑久别重逢。
纳兰青桑发现殷紫萍印堂黑气，中了萨满巫师的噬魂咒。纳兰青桑为殷紫萍解咒，并送给她一个香囊可安魂驱邪。殷紫萍回忆自己初入逍遥观时纳兰青桑为其解围的事情，十分感激，与纳兰青桑共叙姐妹情深，金兰契永为知音。
殷紫萍告别纳兰青桑前去给师父杨济时帮忙救治伤员，与重伤昏迷的霍击蒙相逢。殷紫萍救霍击蒙一命，霍击蒙托殷紫萍查探自己好友的情况，却得知好友已经身陨。
霍击蒙祭奠挚友盟誓报仇，殷紫萍触景生情，感慨医术只医得了伤口却医不了伤痛。若自己医术再好一点就能救更多的人。
霍击蒙与殷紫萍讲述自己的身世与保家卫国的壮志。殷紫萍安慰霍击蒙待战争结束后可与家人团聚，而自己只有爹爹一个亲人。霍击蒙遂与殷紫萍金兰结契，在占星阁结拜为兄妹。
别过霍击蒙，殷紫萍去找广平子。广平子托紫