但是，由于莉莉斯开始自我修复，生长过快而无法控制。于是碇司令与冬月副司令乘坐联合国的远洋舰队开往南极，利用美军“尼米兹”航空母舰运载寻找到的“朗基努斯枪”回到本部，让绫波丽驾驶eva零号机将朗基努斯枪刺入莉莉斯的体内，达到遏制其生长的目的。
此时葛城美里在自闭和失语中度过三年之后，突然开始讲话并且变得异常开朗乐观。
2004年，进行了eva初号机启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故。真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。
自从唯消失在初号机里的事件发生以后，没过多久碇源堂就决定转而实行《人类补完计划》。（在此之前，他的目标只是实行e计划而已）。
2005年，葛城美里和赤木律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识。没多久，加持和美里开始同居。在地下庹洞的上方，第3新东京市开始建设。
2007年，葛城美里和加持良治分手。
2008年，赤木博士完成了超级电脑i的基础理论。赤木律子跟随着母亲尚子加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，nerv的中枢电脑i完成的当日，开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织nerv。
2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真嗣都未曾和源堂见过一面。
2014年，第二个绫波丽转学进入第三新东京市地壹中学校内。
2015年，从第二次浩后经过了十五年，人类重新繁荣。eva已有3台机体可以实际参与作战，其他机体也在世界各地进行建造和实验。比如：eva四号与nerv第二支部在美国进行实验。但就在这一年，使徒“水天使”来袭。”
苏天纵揉了揉眼睛，将写好的文稿仔细读了一遍，这才确定eva的背景故事已经整理的差不多了。没错，这还只是背景故事而已，接下来还需要整理动画电影的三部剧场版。
扭动一下脖子，缓解有些僵硬的肌肉。这才把所有找到的剧情相关文档，一个一个的摆好开始分析。然而，他却发现这三部动画电影的标题就很有意思。
“福音战士新剧场版：序。(evangelion:1.11youare(not)alone)”
“福音战士新剧场版：破。（evangelion:2.22youcan(not)advance）”
“福音战士新剧场版：q。（evangelion:3.33youcan(not)redo）”
左侧为汉语，右侧为英语。从名字来看，这六个名称并不是简单翻译，而且意思也完全不同。苏天纵将英文名称进行了翻译之后，得到一组新的名称。
“序——eva：1.11你是（不是）孤独的。”
“破——eva：2.22你能（不能）前进。”
“q——eva：3.33你能（不能）重来。”
从意思来看，这与序破q三个标题是完全不同的。苏天纵皱着眉，不太理解为什么要这么设计。“你是孤独的……你不是孤独的……两种截然相反的意思，怎么会凑在一起成为标题的？”
“难道说……“苏天纵忽然像是抓住了什么，刚想去找寻，可惜那点灵感很快又消失了。
他开始搜索与电影名字相关的分析，居然还真的找到了一篇，不仅对eva剧场版内容进行了分析，也解释了名字的问题。
苏天纵对这篇由ia写的原文进行了摘录和总结，得出了这段分析：“序、破、q里各有2种有无not版本的完全相反的故事，在平行世界里各以好结局（happyend）和坏结局（badend）分开，从其中各自交互电影化并且上映。
第一部《eva：序》，播放的是有not的版本。救出绫波后，她以微笑作答，表明二人内心都已不再孤独，可就在此时，镜头转向月球，薰首次出场，说“那边的少年已经觉醒了”，其实他这是在对真嗣说——你并不孤独。
第二部《eva：破》对应破播放的是有not的版本。该片末尾，真嗣拼命救出绫波，表明了爱意，世界却也因为他的行为而即将毁灭。此时正片结束，字幕过后，薰降临地球用卡枪击落了觉醒中的初号机。其实，他这是在用行动表明——你不能前进，因为你一前进，三冲就要扩大，彻底毁灭整个世界，就会进入《q》里的无法重来的情节。
第三部《eva：q》播放的是有not的版本，这是薰头次引导真嗣去做自己的抉择，属于第一次轮回的故事，可是薰终究没有碇司令老奸巨猾，被摆一道，用自己的死向真嗣证明了——你无法重来。
也就是说，三部剧场版都是有(not)的故事线，还有对应的三个故事，被隐藏了起来。分析整理得出真正的故事线为：“序（你并不孤独）——破（你可以前进）——q（你无法重来）——序（你孤独）——破（你不能前进）——q（你可以重来）——大结局（还没公映）
由此可以发现，整部剧场版真正的结构，犹如一个首尾相接还包含正反两面的圆环。
导演打乱了播放顺序，最早上映的《序》没有问题，是时间段中的第一部，接着上映的第二部《破》用的却是位于时间段的第五部，而后面上映的第三部《q》又重新翻回前面，播的是时间段里的第三部！这就导致了情节上的混乱，使观者如坠五里雾中。
总体说来，四部曲是