5月21日，唐生智所部第三十三团团长许克祥发动“马日事变”，唐生智公开表示拥共反蒋，电请武汉政府派员查明处理，并自请处分。5月24日唐生智自驻马店电湖南省政府，指示缓和农工军人冲突办法。6月4日击败了向武汉进袭的夏斗寅、杨森，6月5日唐生智派周斓到长沙代理省府主席，许克祥走湘潭，旋率部赴零陵，入粤北连县。6月11日唐生智、张发奎部均由河南撤回武汉。6月13日，武汉中政会命唐生智全权处理湖南事件，15日唐生智被武汉国民政府任为第四集团军总司令，辖第一方面军（唐生智兼总指挥）、第二方面军（总指挥张发奎）。6月20日唐生智在汉口演说，指长沙马日事变之不当，必须讨伐蒋介石，25日唐生智自武汉回长沙，26日下令停止湖南党部及各种民众团体反共活动，查惩“马日事变”首要以肃军纪，许克祥记过一次。6月30日唐生智在长沙改组省政府、省党部，排斥反共救党派，并抑制共产党活动，暗示共产党人退出武汉政府和国民党中央。7月3日武汉第四军、第十一军、第二十军、第三十五军向下游移动，准备东征，6日唐生智从长沙回到武汉，此时武汉政府所辖军队达十四个军之多，为唐生智军事最强盛时期，但他得势后专横跋扈，程潜、朱培德先后又倒向桂系把持的南京政府。
1927年7月15日，武汉政权汪精卫叛变革命，程潜、张发奎、朱培德、贺龙军分向湖口、九江、南昌集中，准备分路攻安徽浙江，南京方面之第二十七军王普等部亦开往安庆，第二十六军周凤岐，第三十一军郑绍虔部进向浙西。16日冯玉祥电唐生智化除意见，集中力量先灭奉鲁势力，武汉东征军事仍未停，以“反共倒蒋”为口号，23日冯玉祥再电劝唐生智全力北伐。8月6日，唐生智、程潜、朱培德等电何应钦、李济深等，请合力讨蒋。8月8日，唐生智以第四集团军总司令名义通电讨蒋，谓其“纵容共党、跋扈专横、自立政府、擅开会议、压迫武汉”，令第四集团军夹长江东进，第八军和第三十六军沿长江南岸，三十五军和第一师沿长江北岸，进至芜湖、合肥、蚌埠一线，并约同孙传芳北洋军共同进攻。8月12日，前第九军军长彭汉章（黔军袁祖铭旧部）在汉口被唐生智枪毙。8月13日蒋介石下野，武汉失去东征借口，15日武汉政府决迁南京，汪兆铭、唐生智等到九江，电邀南京何应钦等前往会商，并电孙传芳，所部即由九江东进，会师南京，李宗仁、何应钦联名请武汉方面中止东下，20日唐生智等武汉要人自汉口到九江，与南京代表胡宗铎会商，22日宁汉首脑在庐山会商，唐生智声言即进兵芜湖，李宗仁力持不可，最后决定唐部暂停东进。9月1日许克祥军因唐生智军攻击，退出永州。9月6日唐生智部江右军刘兴率第三十六军入芜湖，南京第三十七军陈调元部东退，8日唐生智在安庆演说，痛诋蒋介石，否认宁汉合作，11日唐生智到芜湖，白崇禧等邀其来南京，唐不允，13日回汉口，并将“决川”、“浚蜀”两舰带去，汪精卫也因不满权利分配回到武汉，15日唐生智在汉口通电调停冯玉祥、靳云鹗之战（注8）。9月15日，南京举行中央执监委员临时联席会议，选唐生智等为国民党特别委员会委员，17日被选为国民政府委员、军事委员会主席团成员，22日武汉政治分会成立，唐生智为常任委员，唐表示如南京对彼不满即武力周旋，23日江右军刘兴部进驻东西梁山。