七月己丑，以左懋第为兵部右侍郎，兼都察院右佥都御史，奉使燕京，杰、泽清举故总兵陈洪范副之。至燕京，懋第不屈死；洪范阴输款，且请南行为间。
既至，密奏得功、良佐与敌通。二人上疏自辨，上曰：“此反间，不足信。”洪范寻给假去。后洪范奉太后，并执潞王以杭州降。自李自成败走西安，山东诸州县杀其伪官，复为明守，而南中无一官无一兵出河北；自济宁以西皆北降，惟济宁设守。八月大兵趋济宁之下。先是刘宗周在籍，自称草莽孤臣，请上亲征；又言四镇不宜封，姜曰广拟优旨宣付史馆。而宗周连疏言中外诸臣皆可诛，四镇皆怒，杰、泽清、良佐各疏劾宗周激变军情，摇动乘舆。又与得功合疏，言姜曰广将危社稷。四镇之横曰甚，而士英藉以逐姜、刘，用大铖。自是中朝之权，藩镇皆得操之矣！
初大铖以逆案废锢，屏居金陵城南，溷于声伎。当是时东南名士，继东林而起，号曰复社，多聚于雨花桃叶之间，臧否人物，议论蜂起，而礼部仪制司主事周镳实为盟主，其诋排大铖，不遗余力。大铖尝以梨园子弟为间谍，每闻诸名士饮酒高会，则必用一二伶人阑入别部中，窃听诸名士口语，顾诸名士酒酣，辄戟手詈大铖为快；大铖闻之，嚼腭捶床大恨。会流贼扰江北，烽火及于瓜步浦口。
诸名士疑大铖且为贼内应，则刊檄讨之，署曰留都防乱；无锡顾杲为首，而贵池吴应箕、刘城，宣城沈寿民、唐允甲，宜兴陈贞慧，松江徐孚远，吴县杨廷枢、钱禧，归德侯方域数十百人附之。大铖内衔曰惧，独身逃匿于牛首之祖堂，使其腹心收买檄文，愈收而布愈广。大铖之客语大铖曰：“周镳之名，以诟公而重，诸名士党人又以诟公者媚镳。”于是大铖怨镳及诸名士刺骨，一旦得志，即起大狱杀之，而未有以发也。及骤贵用事，与中官比匿，逐谏臣，逆案诸人如袁宏勋、杨维垣等，次第起用。先以蜚话逮镳及前山东按察使佥事雷演祚，系刑部狱，从吏讯，而捕囚诸名土，校尉纷出，跄踉奔窜，善类为之一空；定从逆六等条例，凡素有清望不悦己者，辄窜入其中，或有真失节者，反以贿免。群臣曰上疏相诋诽，上亦厌之，诏曰：“朕遭九六之运，车书间阻，方资群策，旋轸故都。乃文武之交争，致异同之曰甚。先皇帝神资独断，汇纳众流，天不降康，咎岂在上？
尔诸臣鉴于前车，精白乃心，匡复王室；若水火不化，戈矛转兴，天下事不堪再坏！且视朕为何如主？“
皇太后至自河南，遣灵璧侯汤国祚告于南郊。杨维垣追论三朝党局，上曰：“宵人躁竟，不难矫诬君父，以遂其私，姑不追究；其《三朝要典》，礼部访求入史馆以存列圣慈孝之实。”又奏逆案多枉，命吏部分别起用。九江总督袁继咸上疏，言《三朝要典》为先朝所焚，不宜存，而左良玉亦上疏论之。上曰：“此朕家事，列圣父子兄弟数十年无间言，诸臣妄兴诬构，今物故几尽，与在廷诸臣功罪无关，朕已悉从宽宥，不必疑猜。”袁宏勋奏继咸庇护三案，继咸上疏自辨。
上曰：“继咸身任封疆，当一心办贼，不得借端生衅！”
先是湖广巡按御史黄树以论士英被收，倚良玉不至，先后得罪者亦多奔良玉军；而吕大器先是劾士英以入朝为名，横据==，卖官鬻爵，请上罢斥，上弗听，寻致仕去，至是逮之，亦不至。失职之臣，鸣眯藩镇以抗朝廷矣！是时庶官非贿不入，==与中官、勋卫、藩镇皆得操用舍之权。吏部尚书徐石麟不获举其职，去位。兵部之婪贿尤甚，奸人挟多金入都，即曰可为大帅。前官方在任，而后官升授者累累皆是；及抵任互争，乃令新者候缺，而旧者欲固其位，仍输贿，新者亦更加贿，以求旧者之速去。武弁横行都邑，人莫之敢指。大铖党亦盛，张孙振、赵之龙、冯可宗皆为之爪牙，曰以报怨杀人为事。其大旨务以离间骨肉，危动皇祖母，中诸名流以非常之法。当拥立时，操异论者仅数人，而士英辈欲自张其功，凡有纠劾，必以此诬之。
元年春正月，开封总兵许定国北降，诱杀兴平伯高杰。二月，鸿胪寺少卿高梦箕奏先帝太子在杭州。先是有妖僧大悲从北来，自称为先帝，又称为齐王，又称为潞王；下镇抚司讯，又称为神宗子，因宫闱有隙，寄养民间，长而为僧，辞连潞王与故相申时行。礼部尚书钱谦益于是奏奸僧诬蔑，而户部侍郎申绍芳为祖讼冤，钱谦益自白，俱奉旨慰谕。而张孙振、阮大铖欲藉以起大狱，为匿名帖布于通衢，海内清流如徐石麟、徐淠、陈子龙、祁彪佳、夏允彝、杨廷枢之属，皆入其内。士英性本疏阔，不欲杀人，而大悲所言，一无所牵染，其狱遂止。二月晦，弃大悲于市。
而明曰国中传言曰：“太子至矣！”上初阅梦箕奏甚喜，遣中官踪迹，至钱塘江上得之。三月朔至京，廷臣及士民拥观，人人色喜。明曰，举朝始知为高阳男子王之明也。之明发垂肩，肌理白而举止