督师自赴宁远，先具一个本，是恭报岛帅逆形昭著，机不容失，便宜正法，谨席藁待罪仰听圣裁事，疏陈他专恣不受经抚节制，欺君章疏，大逆不道，侵盗粮饷，开市私通外夷，亵越名器，劫掠商人，好色诲淫，草菅民命，不恤辽民，交结近侍，铁山诡败为功，坐视养寇，共十二罪。
奉圣旨：“毛文龙悬居海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受，近复握兵进登，索饷要挟，跋扈叵测，且通夷有迹，犄角无资，掣肘并碍。卿当同志协图，声罪正法。事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜，遵照敕谕，仍听相机行。”
又一本岛帅伏法事，奉圣旨：“区画东江善后事宜，俱见妥确。岛兵数既无多，应否置帅，着即与议复。毛姓兵丁，悉听归宗，有才可用的，依旧委用。余俱遵谕行。”盖市虎成于三人，毛帅连遭弹射，又经督师一面之词，且为已破之甑，圣上亦只如此。若使缚送阙下，薏苡之谤可明。即不然，犹得如今日马世龙、杨国栋，出囹圄之中，为国灭贼，当必有可观。而或又曰，双岛邻东江，亟东之可绝众望，不更生变。夫既可杀，独不可擒乎，又不然矣。
自宋有不杀岳飞和不成之论，今日亦多谓毛帅之杀，督师中虏间，杀以快虏，且速款之成。吁，督师亦有人心者，如是愚而忍乎！但廷臣曾有云，双岛非云梦之游，而迹已邻于伪游，崇焕无救赵之举，而椎先加于晋鄙，不无疑于轻躁。又廷臣云，文龙未死，无牵制之实，有其名，今恐我未前而奴先来，人将议其后矣。文龙未死，无制奴之功，有其任，今恐我前呼而奴无后应，人将议其后矣。今其事不且如左卷，何能免议也哉！