却说刘毅、何无忌、刘道规既破湓口，率众自浔阳西追，与桓玄遇于峥嵘洲。毅等兵不满万，而玄战士数万，毅惮之，曰：“玄战士还有五七万，吾众不满九千人，何以为敌？不如暂退！”道规曰：“不可！彼众我寡，强弱异势，今若不进，必为所乘！虽至浔阳，岂能自固？夫决机两阵，将雄者克，不在众也！”因麾众先进，毅等从之。玄常漾舸于舫侧，以备败走，由是众莫有斗志。毅等乘风纵火，尽争先与玄交战，玄众大溃而走。玄复挟帝单舸西走，留永安何皇后及王皇后于巴陵。
殷仲文因叛玄，奉二后之懿旨，还建康。
玄与帝入江陵，欲奔汉中，而人情垂沮，乃与心腹百余人夜出，更相杀害，仅得至船，左右奔散去了。荆州别驾王康产见玄走了，奉帝入南郡府舍居祝玄乃自奔走，出离南郡。
却说益州刺史毛璩因弟毛琏死，乃使参军费恬谓从孙佑之曰：“闻君令兄修之为桓玄屯骑校尉，今桓玄与刘毅交战不利，走南郡必从此过。吾料桓玄不复再兴，不如迎玄说之入蜀，请君令兄收之，回益州同守故邑，以图大事，君意如何？”佑之曰：“公策正合我意。”言讫，二人前来至玄舟船接玄，玄乃大喜，遂问二人姓名，二人未及答应，当屯军校尉毛修之，进前认得二人是其弟及参军，急道曰：“此二人，一是小将舍弟佑之，一是家叔参军费恬，闻大王至，故来接耳。”桓玄听毕，以二人为将而问曰：“吾欲去汉中避兵灾，以图兴复，汝俩有何计策？可以教也！”佑之、费恬欲说修之回益州，乃进言曰：“陛下欲图兴复，不如往蜀。蜀外有崇山之固，内有磐石之靠，进可兼并天下，退可鼎足而立，足可以拒刘裕之兵也。”
修之亦说曰：“蜀地乃兴王之所，昔汉帝亦从此兴起，陛下可速行！”玄听其说，自可与众同行。行至益州界首，佑之、费恬密与修之言曰：“我二人迎玄者，为脱公也！今桓玄地失兵溃，不久必亡，我三人莫若引部下之兵，走回益州，别图大事；倘若延迟，则祸至五日矣！”修之曰：“吾有此意久矣，今已至此，安敢不逃乎！”言罢，三人各引部下兵，连夜走回益州，去见毛璩。及至次日，众军报知桓玄，玄乃大惊，闷闷不悦。
却说益州督护将军冯迁见玄败，祸延及己，乃引部下之兵入营，抽刀而前，欲杀桓玄。玄急忙拔头上玉簪与之，迁不受。
玄曰：“汝乃何人耶？敢杀天子？”迁应之曰：“欲杀天子之贼耳！”遂斩之。时玄年三十六，自篡逆至败时，止八月耳。
于是冯迁割桓玄之首级，令人传至建康，见刘裕。裕大喜，赏赐来人，传令将首级以示四门。
是时尚书王暇闻玄劫天子在江陵，乃率百官至江陵，复立晋帝于江陵。毅等既战胜，以为大事已定，不急迫蹑。玄死一句，诸军犹未至。桓谦及振窜匿，闻玄死，乃复出聚众数万，袭江陵，陷之，杀王康产，见帝与百官在殿，意欲行弑。桓谦曰：“刘裕之乱，岂帝所为？若杀之，吾何所容？不若禁之。”
乃拜而欲出。为玄举哀，追谧桓玄，率群臣奉玺绶于帝，侍御左右，皆振腹心。谦、振闻无忌、道规等兵复至，乃率众出拒。
何无忌、刘道规二人进兵来攻谦、振于马头坡，两下交锋，谦兵惊溃，被无忌大破之。无忌又趋江陵，道规曰：“兵法，屈伸有时。诸桓世居西楚，群下皆为竭力。振勇冠三军，难与交锋，且可息兵养锐，徐以计策縻之，不忧不克。”无忌不从。
自以兵出，迎战于泸溪。无忌等大败，退还浔阳，聚粮缮船，未尝无备，故何无忌虽败退，犹赖刘敬宣以复振，遂进克至夏口。桓振遣冯该守东岸，孟山图据鲁山城，桓仙客守偃月垒，众合万余，水陆相援。等与无忌分兵夜击，悉攻破之。生擒山图、仙客，冯该率残兵奔走石头城去讫。